Ma hai collegato il motore direttamente ai pin di Arduino o stai usando un driver?
Qui trovi le librerie del modulo di Adafruit (http://www.robot-italy.com/it/adafruit-motor-stepper-servo-shield-for-arduino-kit-v1-0.html) --> Arduino motor/stepper/servo control - Downloads
C'è anche una libreria specifica per far accelerare e decelerare lo stepper.