Frankq_it:
Mi procuro il programmatore e poi se mi spieghi come si usa
... una volta che hai il AVRISP mkII leggere la flash (ovviamnete NON protetta) è banale. Da terminale:
path_dove_si_trova\avrdude -P usb -c avrispmkII -p ATmega2560 -s -U flash:r:path_dove_salvare\file.hex:i
Se poi devi riscrivere quel file nella flash, sempre da terminale:
path_dove_si_trova\avrdude -P usb -c avrispmkII -p ATmega2560 -s -U flash:w:path_dove_salvare\file.hex:i
Sembrano uguali ma ... in uno c'è una 'r' e nell'altro c'è una 'w' 
Devi chiaramente mettere le giusta "path" in funzione di dove hai le cose e di dove vuoi salvare.
Ah, ovviamente ti devi collegare con il programmatore al connettore ICSP che si trova sulla MEGA.
Guglielmo