A me la cosa interessa. Uso l'IDE di Arduino per comodità ma non penso avrei problemi ad utilizzare una nuova IDE, se questa mi offrisse le funzioni che mi offre quella di Arduino.
Il problema sta nella parte finale della frase, se questa ti offrisse ciò che offre l'ide attuale di arduino significa che questo impotetico ide deve replicare le funzionalità interne dell'ide attuale e questo può essere fatto solo modificando un'altra ide o sviluppando un plugin come hanno fatto per eclipse e figurati se Atmel sviluppasse un ide che gira anche su linux e aggiungesse la compatibilità con arduino.
Quindi secondo me anche se AVR studio girasse sotto *nix non te ne faresti niente, come niente te ne fai di QtCreator che si può usare nel modo classico, cioè compili una libreria, sviluppi il tuo codice è linki alla tua librerira, cioè nel modo classico tipico dei pc, con il suoi makefile per i sotto progetti ecc.
Capito perchè ho postato? perchè avevo intuito che volessi sviluppare senza il supporto alle librerie arduino, supporto che un IDE Atmel non può fornirti.
Ciao.