Michele scusa la mia ignoranza, ma a che ti servono tutte queste informazioni?
Lo ripeto ho due Arduino MEGA 2560 R3 (lasciamo perdere per ora l'eventualità delle release diverse).
Sul mio carico lo sketch, lo compilo con IDE 1.0.1 ed ottengo che nella Flash e nella EEPROM ci siano i dati che mi interessano.
Quindi faccio partire i primi due batch che, tramite AVRDUDE, creano due file HEX immagii delle due memorie.
Se questa prima parte ti crea problemi, possiamo saltarla, in quanto lo posso fare con BASCOM AVR (ormai ci sto prendendo la mano, ti consiglio di scaricarlo è molto "amichevole").
Spedisco i due file al mio cliente che, tramite i due batch speculari caricano sul loro Arduino MEGA le due immagini: una sorta di clonazione, insomma.
Grazie e ancora scusami per l'onere che ti ho dato.
PS: ho appena visionato il programma consigliato dall'ottimo pitusso (XLoader): sembra che faccia al caso mio e lo proverò.