Der TP4056 kann schon den Akku laden, während die Schaltung versorgt wird. Es schadet aber nicht Akku zu trennen.
Den Ladestrom solltest du noch einstellen. Standardmäßig lädt das Modul mit 1A. Das könnte zu viel sein für deinen kleinen Akku. Kann man aber über den Tausch eines Widerstandes auf dem Modul verringern.