appelez vous assez souvent stepper.run(); ? est-ce la seule fonction de la loop() ?
parce que c'est cette fonction qui fait faire un pas "quand c'est nécessaire". Elle a donc besoin d'être appelée très souvent (sinon vous allez faire des pas moins souvent que nécessaire et donc aller plus lentement et en plus influencer l'algorithme de calcul de l'accélération).
La fonction bloquante ne faisant rien d'autre n'a pas ce problème potentiel.
==> qu'avez vous dans la loop qui prendrait du temps ? s'il y a le moindre delay() alors c'est un soucis surtout pour ce type de vitesse... 4800 pas par seconde c'est bcp.