Ottimo 
Perchè non posti un video del binary clock in funzione?
dopo un'oretta di prove sulle temporizzazioni da usare per leggere l'RTC e poi scrivere sul SAA, ho fatto una prova a "non aspettare" e quindi interpellare l'RTC e scrivere l'ora sul display a piena velocità, senza attese o delay!
Immagino che tu ti riferisca a quel delay(200) che interroga l'RTC ogni 0,2s. In effetti il problema della temporizzazione c'è...l'ideale sarebbe di avere un segnale esterno sincronizzato con l'RTC che dica esattamente "quando" leggere e aggiornare il display (qualunque esso sia).
E infatti questo segnale c'è. Io, personalmente, in un grosso progetto che impiega un 328 (pieno "a tappo") ho risolto usando il pin 3 7 del DS1307 come uscita a 1Hz che da il sync al MCU, in modo da avere il riferimento "preciso" sul momento di refresh.
Il lato negativo è che impegna un pin del micro, ma finora non è stato mai un problema. La soluzione è semplice e funzionale, soprattutto permette di essere sfruttata per attivare una serie di azioni temporizzate (ogni ora, ogni minuto, ogni giorno, etc...) con molta facilità.
E' la stessa soluzione che sto usando anche per il "berlin"