Bootlader flashen

Bei mir ist es in
C:\Program Files (x86)\arduino-1.0\hardware\tools\avr\bin

hardware\tools\avr\bin sollte relativ zu deinem arduino Installationsverzeichnis, auch bei Version 1.0.1, sein.

avrdude ist recht vielseitig, wenn du keine Angst vor Kommandozeilen hast. Google mal ...