Sì, al 99% è il bootloader che è bacato; dovresti provare a riscriverlo, ma ti serve un Programmatore ISP o un altro Arduino. Comunque è una cosa che è già successa a diversi utenti, però ricordo che in un caso fu necessario farsi sostituire i micro.
Sarebbe stato comunque opportuno fornire maggiorni indicazioni, almeno riguardo il modello di Arduino che stai usando e la versione dell'IDE.