Bootloader Delay

Alle Eingänge laufen über Optokoppler.

Das ist gut.

Die Ausgänge über mehrere ULN2803 also mit integrierten Schutzdioden.

Also gemeinsame Masse --> das könnte die Ursache sein. Ich würde auch an den Ausgängen Optokoppler einsetzen und damit die ULN2803 ansteuern. Damit kannst Du dann die Verbraucher (und damit auch die von Ihnen verursachten Störungen) abkoppeln.

Probleme machen jedoch externe Geräte wie der oben genannte Taster vom elektr. Aufzug.

Hmmm. Das versteh ich nicht. Taster = Eingang --> Optokoppler. Zumindest hatte ich das eben so verstanden.

Was also nur noch bleibt ist die Stromversorgung. Wie man die in "dreckigen" Umgebungen säubert schaut man am Besten bei der Autoelektrik ab:
http://www.dse-faq.elektronik-kompendium.de/dse-faq.htm#F.23