Die Verzögerung hängt vom Bootloader ab, aber eigentlich sollte sie nicht wirklich relevant sein. Denn:
Fall 1: Du setzt die Fuses so, dass der Watchdog immer aktiv ist --> das geht nur wenn Du einen ISP hast --> dann lass den Bootloader weg und nimm immer den ISP zum flashen --> das Problem existiert nicht
Fall 2: Du aktivierst den Watchdog in Deinem Programm --> dann ist der WD nach einem Reset nicht mehr aktiv --> der Bootloader darf so lange brauchen wie er will --> das Problem existiert nicht
Fall 3: Du setzt die Fuses so, dass der Watchdog immer aktiv ist und verwendest einen Bootloader --> jetzt hast Du überhaupt erst das Problem --> ich würde empfehlen das einfach nicht zu tun 