La eprom e una memoria programmabile 1 volta (quasi), leggibile infinite volte e per essere riprogrammata deve essere cancellata con luce UV per ca 15 minuti (se ha la finestrella, perché ci sono anche versioni che non erano previste la riprogrammazione e percui non hanno finestra e neanche un involucro in ceramica ma in plastica).
Non e un micorcontroller oppure una CPU.L' elettronica che Ti serve per interfacciare la EPROM all'Arduino Ti costa di piú che comprare un EEPROM oppure FRAM con interfaccia I2C o SPI. Quelli possono essere scritte (programmate) dal Arduino senza doverle cancellare con luce UV.
la finestrella UV c'è e ho anche l'apposita lampada, ma come dici anche tu trovare l'elettronica apposita x la programmazione è molto costosa...quindi direi che questa parte di argomento è chiusa...
per quanto riguarda il bootloader invece che differenze ci sono tra la UNO e la Duemilanove?