Muy simple.
Cuando el enconder gira en sentido horario subes, bueno eso lo repites con un botón que será el de incremento.
Cuando el encoder gira en el otro sentido antihorario bajas o sea con el botón decrementaras tu valor de frecuencia.
Listo, extremadamente simple.
Conecta cada botón entre GND y pin, usa input_pullup en la definición y mal que mal ya lo tienes.
Si rebotan los botones agrega una rutina antirebotes como Bounce2.h
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