Dein Problem ist, das du bei der Installation des Bootloaders die Fuse fürs Brown Out platt machst.
Kann der BurnOmat die Fuses auch lesen und sinnvoll interpretieren?
Ansonsten guck dir mal den eXtreme Burner aus Indien an. Sehr gut gelöst. Du stellst deinen AVR ein, hast einen Hex-Editor mit 3 Reitern für FLASH, EEPROM und Fuses. Erst mal liest du deinen AVR mit Bootloader aus. Dann guckst du dir die Fuses an, klickst in der High Fuse unten auf Bit Details, stellst da dein Brown Out ein und schreibst jetzt nur die Fuses zurück auf den AVR.
Wenn du das einmal gewuppt hast, kannst du auch eine Vorlage aus Fuses und Bootloder als Datei abspeichern und wenn was in die Hose gegangen ist, oder neue Chips mit diese Vorlage proggen, ohne erneut grübeln zu müssen 8)
Gruß Gerald