el mismo programa en versiones del IDE 1.6.0 y 1.6.5 hace lo esperado.
el programa debe avisar cuando termina por medio de Serial.println , con las versiones 1.6.6 y 1.6.7 este avisa una o tres veces al volver a envía una orden este no avisa hasta que vuelve a leer algo desde el puerto serie (almeno es lo que veo).
Sinceramente no comprendo nada de lo que dices.
Empieza leyendo las normas del foro. Publica tu código completo y por favor revisa 1 vez lo que escribes a ver si es entendible para ti y para los demás.
Eso ahorrará tu tiempo y el nuestro.