Non ho verificato sto in fiducia.
Per TIMER0 sapevo per certo che lo usa e quindi lo configura, un altro timer gli serve per il PWM e il terzo (credo TIMER1 16 bit) sapevo non gli servisse.
Io penso che prima di fare cose non previste da arduino si dovrebbe sempre indagare su cosa fa e come, questo se vogliamo rappresenta il rovescio della medaglia di Arduino o in genere di qualunque collezione di funzioni preconfezionate.
Ho avuto anche qualche problema a fermare un timer in C (senza arduino), si tratta di un display 4x7 segments che ha due funzioni power_off e power_on e in effetti non si voleva fermare togliendo la sorgente del clock ora non ricordo diciamo che ho pasticciato un po e poi ha funzionato ma non ho indagato.
Ciao.