Non è un bug, è una svista nella documentazione, prima di tutto ~2 ms sono ~500 Hz, ovvero la frequenza attesa per il PWM, mentre ~1ms sono circa ~1kHz, ovvero il doppio della frequenza attesa.
Sia il pin 5 che il 6 per il PWM usano il timer 0 che effettua tutti i 256 count in ~1ms (per effetto del prescaler 1:64) perchè abbinato alla millis, da questo deriva il fatto che il pwm su tali pin è per forza di cose ~1 kHz.
Per sicurezza ho controllato con il DSO, su i pin 3-9-10-11 la frequenza del PWM è 489 Hz, su i pin 5 e 6 è 978 Hz, ovviamente sono possibili leggere variazioni da questi valori a seconda della reale frequenza di oscillazione del risuonatore visto che è meno preciso di un quarzo.