PaoloP:
[Pensa ad aggiungere un'intera funzione di controllo della velocità della seriale e dell'apertura e chiusura della porta stessa.
Personalmente non vedo tutti questi problemi nel modificare il bootloader, anzi è molto più semplice di quello che sembra, però tale modifica non è a livello del bootloader ma del convertitore USB seriale che si trova sul 8u2, è lui che comanda il reset su i normali Arduino.
La Leonardo è diversa perché la USB è gestita direttamente dallo stesso micro che poi lavora come Arduino, quindi valgono altre regole e altri metodi.
In tutti i casi la soluzione è proprio nella modifica del software sul 8u2 e non serve inventarsi cose come il cambio di baud rate, basta prevedere uno specifico comando ,da inviarsi tramite seriale usb, per resettare il 328 o ATmega che sia.
Tempo fa mi ero pure offerto di fare, gratis, questa modifica da integrarsi in una prossima versione dell'ide, visto che nessuno mi ha contattato in via ufficiale immagino che non gli interessa come feature da implementare.