Ma il tuo monitor seriale è indipendente dall'IDE, io e astro parlavamo della possibilità di modificare l'IDE ed i firmware dell'8U2 per poter integrare questa modifica nel software Arduino.
Sarebbe bello ad esempio mettere una voce nelle preferenze dell'IDE per poter selezionare/deselezionare l'invio del segnale di reset all'apertura del monitor.
EDIT:
@igor:
ho risposto prima di leggere il tuo ultimo mess. 
Non so se la modifica al firmware dell'8U2 sia necessaria, se si ragiona tenendo conto del fatto che è l'IDE a inviare il segnale DTR.