osenno' un consiglio differente:
prova invece di usare subito l'encoder definitivo, usane uno meno dettagliato, magari una semplice croce di Malta con 2 fotocellule (io facevo così)
se hai un secondo arduino, anche solo una UNO usala per generare la sequenza degli impulsi, io ho uni scketch per generare impulsi lenti per prova, sia diretti che negati, asimmetrici nei tempi, in un senso e nell'altro, con anche una decina di bounce simulati, per test belli tosti, se vuoi lo allego