Depende del largo del tubo quizas mejor usas la funcion micros() que devuelve la cantidad de microsegundos desde que la placa Arduino comenzó a ejecutar el programa actual.
Este número se desbordará (volverá a cero), después de aproximadamente 70 minutos, pero en tu caso no importa porque solo tienes que restar llegada - salida.
En las placas Arduino de 16 MHz, esta función tiene una resolución de cuatro microsegundos (es decir, el valor devuelto siempre es un múltiplo de cuatro), pero es lo mejor que hay.
La idea es que al intante de accionar el pin de soltar bola guardes es una variable el valor de micros() y luego al llegar haces lo mismo en otra variable y luego restas ambas para saber el tiempo en microsegundos del evento.
Saludos, Kike_GL