Janos:
Loro lavorano tutto su assembly... Dici che mi conviene non provare nemmeno a proporre una soluzione con l'ARM che monterà l'Arduino Due?
Fino a che la DUE non sarà realmente disponibile, in teoria prima di fine mese, o almeno il suo IDE, è impossibile dire quello che ci si può fare realmente oppure no, almeno rimanendo all'interno del suo ambiente di lavoro, se invece decidi di programmarla in C, lascia perdere il C++, allora basta prendere in mano il datasheet del micro e valutare se contiene tutto quello che ti serve, andrà comunque verificata la mappatura dei pin sul connettore della DUE.
Se non ti interessa l'ambiente di Arduino il mio consiglio è andare direttamente su un STM32F4, ti prendi la scheda STM32F4 Discovery che costa meno di 15 Euro e inizi a lavorarci sopra, hai un processore con core Cortex M4 dotato di FPU senza compromessi di velocità e memoria, il micro costa meno di 10 Euro sulla quantità pertanto l'eventuale produzione di una scheda basata su quel processore ti costa molto meno di Arduino DUE e nulla vieta di usare direttamente la STM32F4 discovery come modulo da montare su una carrier.
In alternativa ci sarebbe anche la ottima Aria G25 di Acme System, azienda Italiana, dove puoi scegliere se usare il micro, un ARM9 @400 MHz, senza S.O. oppure metterci sopra una distro Linux, in particolare la Debian 6, ovviamente senza interfaccia grafica.