Datosi che l'Atmega88 è l'antenato dell'Atmeg328, potresti provare a compilare l'Optiboot per la tua MCU. Il makefile dell'Optiboot ha già l'opzione pronta per compilare per questo micro.
Vai nella cartella dell'IDE di Arduino, poi in /hardware/arduino/bootloaders/optiboot, apri un terminale e poi dai "make atmega88".