Chiedi chiedi, non ti preoccupare. 
La prova consigliata da Leo è valida, ovviamente (Leo è uno dei maghi del Forum, ma tu non farglielo sapere ;))! Devi verificare se funziona, è pur sempre un esperimento, vediamo invece le correzioni alla board che hai scritto:
atmega88.upload.maximum_size=7680 <<<< stai usando l'optiboot, occupa solo 512 byte
atmega88.bootloader.high_fuses=0xDE <<<< è questo il valore corretto per il BOD LEVEL
atmega88.build.mcu=atmega88p <<<< sì, ho verificato e nell'AVRDUDE.CONF questo micro c'è.
I lock/unlock bits sono a valore standard, non ti preoccupare, sono praticamente sempre quelli su tutti i micro (dai un'occhiata alle varie board del file boards.txt e ti tranquillizzi ;))
Come hai giustamente compreso questa nuova board la devi mettere (segui BENE le istruzioni della mia Guida) nel file boards.txt, salvi chiudi ed al riaprire l'IDE 1.0.1 (NON usare 1.0!!) troverai la tua board pronta per il caricamento del bootloader
Non c'è bisogno che scrivi RISOLTO visto che ancora non sai se hai risolto qualcosa, quando hai notizie continua a scrivere su questo TOPIC e noi rispondiamo. Stai tranquillo, in un modo o nell'altro "Arduino Giovanniw/ atmega88" funzionerà! XD