Il problema del reset della funzione millis() è relativo, basta sapere come gestirlo 
Detto questo, siccome sono l'autore della secTimer, posso certificarti che la lib funziona perfettamente per cui se hai degli errori dipenderà da come hai incluso la lib in Arduino. Tu dici che l'hai "estratta tutta per intera dentro la cartella steckbook\libreries" ma... l'hai lasciata nella sua cartella secTimer?
Il percorso del file .h deve essere sketchbook/libraries/secTimer/secTimer.h