Prima di tutto la Nano ha una USB mentre la Mini (o la Mini Pro) non c'e' l'hanno quindi per la mini non puoi programmarle via usb come fai con Arduino Uno/Mega. In vendita puoi comprare un USB-FTDI oppure lo programmi attraverso ICSP.
Ma se devi collegarli stabilmente con cavo USB, solo la Nano c'e' l'ha.