Bonjour,
Je te recommande vivement pwm_lib (GitHub - antodom/pwm_lib: This is a C++ library to abstract the use of the eight hardware PWM channels available on Arduino DUE's Atmel ATSAM3X8E microcontroller.) qui écrabouille par sa facilité d'utilisation tout ce qu'on peut trouver ailleurs.
Maintenant, si tu préfères manipuler les registres avec tes petites mains (question de goût), les réponses précédentes sont très bonnes.