"root" ist der Admin-User unter Linux. Nur dieser User darf Software installieren. Unter Ubuntu kann man mit dem Befehl "sudo su -" und seinem Passwort zu diesem User werden. Alternativ gitb es aber auch die Möglichkeit über die grafische Oberfläche Pakete zu installieren. Hier wird man dann meistens nach dem eigenen Passwort gefragt.
Ob der Code mit dem Mega funktioniert kann ich nicht beurteilen. Falls der Code aber spezifisch an den Atmega 328 angepasst ist, kann es durchaus sein, das er auf dem Mega nicht funktioniert. Hast Du denn den Source-Code von grbl selbst compiliert, oder hast Du nur das HEX-File auf den Mega geflashed?