Define dos pines de salida, los mismos en los que conectes los Leds con la Resistencia limitadora.
Luego enciendes un led con HIGH, y lo apagas con LOW.
Mira Blink.ino para entender como trabajar con un led, no porque ese código te sirva porque no es tu caso, pero si la definicion del pin de salida y como lo ilumnias y apagas.
Repite con el otro.
Y cuando en una parte acciones uno, apagas el otro y viceverza.
No te lo escribo para que aprendas.