coletando dados da usb/serial

Olá a todos, sou novato em desenvolvimento para. Estou desenvolvendo uma solução que deve monitorar os dados gerando em uma maquina. Esta maquina só permite coleta de dados através da usb montando um pendrive. Minha duvida é se existe um meio de fazer o arduino montar um pendrive quando um cabo usb for colocado em um das portas seriais/usb?

Você quer fazer igual a máquina (o arduino montar um PENDRIVE) ou quer coletar os dados da máquina, tem o USB-HOST shield que faz a segunda opção.

O meu problema é que a maquina necessita montar o pendrive para depois gravar os dados em um arquivo dentro do pendrive

Então você precisa de algo que faça o arduino emular um pendrive, na sua explicação ficou confuso.
Eu dei uma procurada e não achei nada dessa forma, talvez outro saiba se dá para fazer isso, pois quem responderia a sua máquina seria o
chip responsavel pela comunicação do ATMEGA através da USB.

Pelo que descreves no meu ver nao vejo como possas fazer isso mas se a maquina gera os dados dentro da pen para que necessitas de isso dentro do arduino?
O que pretendes fazer concretamente com esses dados caso de facto os conseguisses ler?

o meu problema é que possuo uma maquina que gera os dados de produção dentro de um arquivo csv exemplo (15;100.0;156.20;) isso ela executa em um tempo determinado e gera estes dados dentro de pendrive. a minha ideia é de fazer com que o arduino através da usb/serial pudesse emular a estrutura do pendrive para que eu possa ter acesso aos dados do arquivo através do arduino sem te que colocar e retirar o pendrive a todos instante.

talvez você deva estudar isso Four Walled Cubicle - LUFA (Formerly MyUSB)
tem alguns exemplos de mass storage