L'Arduino è strutturato in modo che ogni volta che viene aperta la connessione seriale venga spedito un comando di reset all'Atmega328. Questo modo di fare serve per come è strutturato l'invio degli sketch: sull'Atmega328 esiste un bootloader, un programma che viene eseguito al reset. Esso controlla se è in arrivo un nuovo sketch sulla seriale: in caso affermativo, scrive il programma nella memoria, in caso negativo avvia il programma già memorizzato.
Per disattivare questo comportamento, puoi interrompere la pista RESET-EN che trovi sulla schedina ma in questo modo la modifica ti impedirà di sfruttare l'autoreset per programmare il micro e sarai costretto a premere a mano il pulsante di reset (fino a quando non ricomponi la pista con una goccia di stagno). Alternativamente puoi disattivare il segnale DTR che viene spedito sulla porta seriale al momento in cui viene aperta la connessione: su Windows mi pare di aver capito che si possa fare dal pannello delle risorse, modificando le impostazioni della COM (non so di più, non uso Win), su Linux è più difficile e va usato uno script apposito per spedire solo i comandi che si desiderano (anche qui ne so poco perché è una cosa che non ho mai approfondito).