Grazie PaoloP e nid69ita per le risposte 
collegare il pin 5V a GND rientra nel consiglio 1
Non ne sono sicuro, perchè se cortocircuito con un pin digitale la gran quantità di corrente passa dentro l'ATmega328, che quindi viene danneggiato (scorrono 200 mA nel pin, che ha una resistenza molto bassa, 25 Ohm). Bisognerebbe capire se cortocircuitando 5v e GND provoco gli stessi danni.
mi sembra piuttosto banale il fatto che collegando Vcc (5V) e GND si crei un corto con tutto ciò che questo comporta.
E fin qui non ci piove 
è il "tutto ciò che questo comporta" che mi interessa. Ok per la USB che dovrebbe essere protetta dal diodo autoripristinante. Nel caso di alimentazione esterna (ad esempio una pila da 9v) cosa brucio? Il microcontrollore o qualche altro componente? Ho come l'impressione di essermi perso in un bicchiere d'acqua 