Precsazioni:
La porta USB viene protetta da un fusibile della linea polyfuse Resettable fuse - Wikipedia percui un corto non dovrebbe danneggiare ne Arduino ne la porta USB. La USB nel computer dovrebbe avere anche lei una protezione e non daneggiarsi a causa di una richiesta di corrente oltre la specifica. Entrambe le cose non vorrei controllare sui miei Arduini/ computer 
Lo stabilizzatore 5V montato sul Arduino, ma vale la stessa cosa per i 3,3V sui Arduini con l' interfaccia USB fatto da una ATmega 8U2 o ATmega16U2 o ATmega32U4 (Leonardo e suoi derivati) sono protetti contro cortocircuito. Per gli Arduini con interfaccia USB fatto dal FT232 non so dire se i 3,3V prodotti da questo sono protetti contro corto circuito.
Gli Arduini sono protetti contro un alimentazione invertita sulla presa di alimentazione (quella nera).
Tutti gli Arduino NON SONO PROTETTicontro alimentazione invertita sui pin Vin e 5V e contro alimentazione con tensioni troppo alte (oltre le specifiche per i pin Vin e 5V).
Inoltre non ci sono protezioni per un alimentazione con tensioni troppo alte sul pin 3,3V.
La maggior parte di alimenattori sono protetti contro corto circuito per un breve tempo oppure per un tempo illimitato. Per essere sicuri si deve consultare le specifice dell'alimentatore in uso.
Penso che come scrive PaoloP si deve adottare un buon senso (e sapere che certe cose portano a un (possibile) danno senza ceh nessuno lo debba scrivere esplicitamente. Fare un corto é uno di queste saggezze popolari diffusa su largta scala nella popolazione italiana. Si deve usare la "diligenza del buon padre di famiglia".
Ciao Uwe