Diciamo che dipende molto dal tipo di connessione che intendi fare e quale "stabilità" vuoi dare alla cosa. Provo a spiegarmi, e magari qualcuno ha anche consigli migliori ed imparo anche io.
Io in progetti simili, con pochi pin da far uscire, li ho messi tutti adiacenti (es. da D8 a D12) ed ho fatto un connettore con un pezzo di millefori: in pratica tagliando solo 2 file di fori (e colonne pari al numero di pin), in una ci ho saldato i pin da un "pettine" di maschi, nell'altra i fili verso il circuito esterno, ovviamente connessi ognuno al rispettivo pin maschio.
Se hai una Mega ti consiglierei, per maggiore stabilità, di sfruttare i pin presenti nel connettore in fondo, quello a 2 file, e usare quindi una basettina a 4 file di fori. A quel punto se hai spazio prevedi nel connettore più pin di quelli che attualmente ti servono, così oltre ad essere più stabile hai anche in futuro la possibilità di fare altre connessioni per espandere il progetto.
Oppure in altri casi per poter mettere a wafer un secondo shield (a meno che questo non sia già "passante") ho preso una proto shield alla quale ho saldato dei connettori "passanti" (quelli con femmina sopra e maschio lungo sotto).
Costa sicuramente di più di qualche pezzo di millefori (la sola proto senza pin si trova su eBay a 3-4 Euro) ma sicuramente il tutto è più pulito, stabile e sicuro, e ti permette anche di alloggiare direttamente sulla proto vari componenti ed altri connettori.