Altra soluzione è un banalissimo filtro RC messo a valle del pin e prima del transistor (o altro) con cui piloti la ventola in modo da trasformare il segnale ad onda quadra del PWM in un segnale pseudo analogico.
Puoi aiutarti con questo tool online:
http://sim.okawa-denshi.jp/en/CRlowkeisan.htm
(anche se, normalmente, una R da 10K ed un C da 100 nF sono più che sufficienti per far sparire il disturbo)