Te sugiero que para mantener el orden del foro mantengas este hilo para las preguntas que sean propias de la inicializacion en Arduino (compra de materiales, problemas con los primeros ejemplos, etc.), y que crees otro hilo sobre el problema en si que pretendes solucionar con el Arduino, tratando de dar la mayor cantidad de detalles sobre el problema, hard disponible, etc. Yo por ej. todavia no entiendo porque necesitas dos seriales... ya tienes la plaqueta de los sensores? O de los actuadores? Trata de usar también un titulo lo mas descriptivo posible.
Respecto al mega, para tareas de automatismos no creo que la velocidad de los NO-Mega sea un problema, si puede ser el tema de la cantidad de entradas-salidas, pero hay muchas formas de multiplexarlas. Busca en el foro y vas a encontrar infinidad de ejemplos de esto ultimo.
Saludos.