D'un point de vue communication, JQuery ne fait rien d'autre que des requêtes HTTP. Comme cela est en Javascript c'est à priori coté navigateur que cela s'exécute.
C'est donc dans le principe identique (d'un point de vue relation client/serveur) à l'utilisation de socket HTML5.
L'avantage c'est que puisque le navigateur est capable d'aller chercher une page Web il saura aussi faire les requêtes JQuery vers l'Arduino.
L'inconvénient que je vois tant dans le Javascript que dans le HTML5 c'est la compatibilité avec les mobiles. On commence a voir des personnes qui se plaignent de la performence d'HTML5 sur mobile et Javascript est loin d'être universellement supporté sur les navigateurs mobiles.
Je pense que la solution de gérer la communication Arduino coté serveur (PHP/Python/Perl) est la meilleure mais reste incompatible avec un hébergement mutualisé.
Donc seul le VPS ou le serveur dédié est adapté mais c'est pas le même prix. VPS OVH ou Kimsuffi commencent à 15€HT/mois.
Ou alors récupérer un netbook d'occas avec un petite distri linux et le laisser brancher en permanence chez soi.
Voir même un routeur du type de ceux compatible OpenWRT et qui peuvent faire tourner un petit linux avec un serveur Web.
Par contre probablement pas de PHP dans ce cas, donc plutôt du cgi-bin a développer en C