ok, bon avec la mesure de période en µs avec micros(), ça fonctionne très bien jusqu'a 1kHz, soit le double de la vitesse maxi du moteur, j'ai donc de la marge 
reste à modifier le câblage de mon entrée, et là par contre c'est merdique, car la tension batterie peut varier de 14,5V (en fonctionnement, alternateur en charge) à moins de 7V (démarreur en fonction par temps froid). Et la tension ne doit pas descendre en sortie de pont en dessous de 3,1V... ce qui n'est pas possible pour ne pas non plus dépasser 5,5V !
Donc j'hésite entre laisser le pont, calibré pour arriver à 3,5V avec 7V en entrée, et utiliser les diodes internes à l'atmega pour limiter le voltage lorsque la Ubat remonte, ou remplacer R37 par une zener à 5V.
La zener est-elle préférable ? j'ai lu un peu tout et son contraire dans les topics parlant de limiter une tension d'entrée par une zener...