Tu ne peux pas commander de puissance avec un Arduino.
Pour commander 2 moteurs en PWM tu peux par exemple passer par un double pont en H genre ça:
C'est ce que je m’apprête à utiliser, pour justement commander 2 moteurs en PWM.
Tu peux aussi passer par un "Motor Shield", qui va te fournir un shield avec tout le nécessaire pré-câblé.