Oui les 2 ponts en H sont commandables séparément.
Puisque tu parles de vitesse et de position je suppose que tu veux commander des moteurs pas à pas?
Extrait de la datasheet du L293D:
Concernant la doc sur le PWM, on en trouve pas mal.
Hormis ce qu'on trouve sur ce site, je peux te conseiller celle-là: Secrets of Arduino PWM
La datasheet de l'ATMega328 est aussi très intéressante à ce sujet, mais pas forcément facile à comprendre (je galère toujours à comprendre les subtilités des différents modes de fonctionnement des timers).