Je n'ai jamais utilisé Duinos. Ca semble intéressant en tout cas.
Concernant l'utilisation des registres directement plutôt que les fonctions Arduino, ça dépend du besoin en fait.
Si les réglages par défaut utilisés par ces fonctions conviennent alors autant les utiliser.
Mais si on veut jouer plus finement sur la fréquence PWM ou autres, alors on n'a pas trop d'autre choix que d'attaquer plus bas.
Moi j'ai juste à commander les moteurs de propulsion et de direction d'un camion de pompier :D, alors je pense me contenter d'analogWrite(), au moins durant la phase de prototypage. On verra après s'il faut affiner.