L'I2C en mode multimaster suppose une gestion de l'arbitrage car à un moment donné il ne peut y avoir qu'un et un seul Master qui a "la main" sur le bus. A ma connaissance la bibiothèque Wire.h ne gère pas ce mode et de plus la carte DUE a un microcontrolleur qui lui supporte ce mode.
Quand la DUE en mode Master détecte une perte d'arbitrage, il y a un bit d'arbitrage qui change d'état dans un registre et qu'il faut gérer avec du software en plus (ça reste à faire). Il y a en fait 2 modes multimaster, celui dans lequel un Master reste toujours Master et un second dans lequel un Master peut passer à l'état Slave puis éventuellement revenir à l'état Master (ça reste aussi à faire).
Compte tenu de ce que tu veux faire, il me semble plus judicieux d'utiliser une liaison série (Software serial coté UNO) et par exemple Serial1 coté DUE, car dans ce cas tu peux gérer des flux dans les 2 sens sans problème.
Attention aux tensions coté DUE, pas plus de 3.3V, donc utilise des décaleurs de niveaux logiques pour compenser.