Cómo generar dos funciones a diferente frecuencia?

StringCGE:
¿Elementos hardware para eliminar los pulsos del pwm y que quede únicamente el voltaje filtrado con la forma de onda quede como resultado?

Normalmente un filtro pasa-bajos con el punto de corte en 30 KHz.

Para entradas de alta impedancia, con la versión RC (resistencia/condensador) bastará; caso contrario sería la versión LC (inductor/condensador) aunque recuerda que el límite de corriente por pin sigue vigente. Para una señal más potente, lógicamente habría que recurrir a un amplificador.

StringCGE:
o alguna otra forma de mantener la señal senoidal lo mas integra posible sin el elemento pwm.

Define "integra" y "sin el elemento PWM".

Un microcontrolador no ARM lo más que tiene de DAC es el PWM generado por timer. Obtener una señal analógica desde un sistema digital, sin PWM; tendría que ser con un DAC externo o con una escalera de resistencias R2R cuya resolución depende de la cantidad de salidas digitales (pines) a utilizar.

Hablar de "integridad" no sé si te refieres a la calidad de la señal generada. Los factores que influyen en la calidad son la resolución y la frecuencia de muestreo (cantidad de muestras en caso de ser en tablas de onda).

A determinada velocidad del reloj, la frecuencia de muestreo es inversamente proporcional a la frecuencia máxima que la señal puede alcanzar. La resolución afecta siempre en PWM; bajo otros métodos depende del ancho de banda del transmisor de los datos digitales (en el caso de AVR, mover 16 bits le toma dos ciclos del reloj).

Para las señales generadas por modulación (PWM, FM, AM, PCM, etc) hay todavía otro límite: el teorema de Shannon-Nyquist; el cual dice que la frecuencia del modulador debe ser de al menos el doble de la frecuencia de la señal a generar.

Aunque a veces la teoría está lejos de la realidad, aquí no es la excepción. Si lo anterior lo aplicas con una onda senoidal a la supuesta "frecuencia máxima", con lo que terminarás es con una onda más triangular que curva.

Con una frecuencia reloj de 16 MHz, y un PWM de 8 bits de resolución; la máxima del modulador (portador o "carrier" en inglés) es de 62.5 KHz. Y según el teorema, el máximo vendría siendo 31.25 KHz; es por eso que trato de mantenerlo todo por debajo de los 30 KHz si estamos hablando de DAC por PWM.