Ola Bubulindo, peço desculpa nao ter dito mais nada, nao tenho tido tempo e algum que ia tendo ia aplicando na parte mecanica do meu projeto e a confeçao da placa, esta parte está toda feita, agora falta a parte da programaçao, para mim muito mais dificil porque sou mesmo noob no assunto ebora toda a programaçao seja facil para quem perceba um pouco do assunto.
A primeira opçao que postas-te deverá ser a ideal mas fiquei todo baralhado da minha cabeça 
pelo que tenho andado a tenter perceber vejo partes do codigo como "if (digitalRead(switchPin1) == HIGH" e tu espetas-me com "if (ligar_o_motor == TRUE)" será a mesma coisa? assim como isto "unsigned char switch_antes = 0;" está-me a fazer uma confusao danada heheh, podes substituir isso por algo real? é mais macil para eu perceber.
Basicamente o que eu preciso é que o motor trabalhe e pare numa certa posiçao para isso uso um microswitch, continua o resto do codigo e que basicamente sao outros motores que tem que parar tambem com outros microswitchs mas quando commeçar o loop novamente o primeiro motor tem que fazer o mesmo ou seja dar uma volta e parar.
desde ja obrigado pela ajuda