comparación coordenadas

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Hola,
para convertir una cadena de texto a número existen varias funciones en C

  • atoi() para convertir texto a int
  • atol() para convertir texto a long int
  • atof() para convertir texto a float, que es la que necesitas

Prueba con esto:

float valorSD, valorGPS;

char txtSD[11];
char txtGPS[11];

void setup()
{
   Serial.begin(9600); 
}   
   

void loop()
{   
    strncpy(txtSD, "12.3400", 10);
    strncpy(txtGPS, "1.0000", 10);

    valorSD = atof(txtSD);
    valorGPS = atof(txtGPS);
   
    Serial.println(valorSD - valorGPS, DEC); 
    delay(3333);
}

Si van a ser más decimales, define una cadena de tamaño más grande.