Prueba cambiando la segunda estructura "if" por un "case";
void loop ()
{
if (Serial.available() > 0)
{
entrada = Serial.read();
Switch (entrada); //cadena que envía el pc para buscar la conexión
{
Case '#G
:
Serial.print("#J$"); //cadena que envia arduino para aceptar la conexión
delay(100);
conex=1;
conexion();
break;
}
}
}