On m'a dit qu'avec des atmel et des CAN externe en SPI je pourrais traiter les 20k, la limitation provient d'arduino ?
Je pense que tu surspécifies inutilement. Ton besoin pour la sécurité c'est de savoir si le miroir bouge ou non. A la limite tu te moques de savoir si il suit la commande envoyée. Le nombre de points par seconde ne présente aucun intérêt pour couvrir ce besoin. Par contre il est indispensable de savoir à partir de quelle amplitude du signal mesuré tu considères que le miroir ne bouge plus.
Un système de sécurité se doit d'être simple (et claire) dans ses spécifications et dans sa réalisation matérielle sinon on risque fort de passer à coté du but.
D'autre part, pour un système de sécurité, je pense qu'il est préférable de se reposer sur des fonctions analogiques plutôt que sur du logiciel.