Se me ocurre que vayas acumulando la medida de los mA en intervalos regulares (preferiblemente cada segundo). Y ya sea en tiempo real o al final de la prueba, divides el acumulado entre 3600 para así obtener los mAh.
Si float no fuera tan limitado como acumulador (o al menos eso me temo), se podría mejorar la precisión del cálculo muestreando cada décima de segundo. De hacerlo así, se le agregaría un cero más al divisor.