Comunicacion con los circuitos de una tarjeta logica

Buenas tardes:

Les mando a todos un cordial saludo y que tengan un año 2017 lleno de cosas buenas, espero que me puedan ayudar con un problema, les comento:

Tengo una tarjeta logica que se conecta mediante USB y deseo hacer un cmod clear a los chips de la placa, en un principio solo mande variacion de voltaje hasta 5v a la tarjeta logica y solo se apaga, no hace el cmod clear, estuve observando y ya encontre un jumpers que lo hace, pero, me pierdo en la ruta y ver en que microcontrolador o chip lo hace, y deseo saber si con un arduino puedo hacer que lea todos los chips y micrcontroladores junto con sus valores de cada pin y guardarlos ya sea en la pc o mediante una memoria.

De antemano SALUDOS y gracias por sus orientaciones.

Hola Bodoke, bienvenido al foro Arduino.

Sería interesante que amplíes con fotos (usando tags), datos y esquemas de que estas hablando.
Asi como lo planteas solo puedo decirte que todo lo que tenga niveles TTL puede ser leído sin problemas con un Arduino.
Pero que esa señal que mencionas para borrar los chips puede no ser analógica como has probado sino un comando digital. Estoy suponiendo porque nada sabemos de la placa en cuestión.