fjramirez:
¿Puedo de alguna forma enviar y recibir datos desde ESP8266 por el puerto serie sin que sean comandos AT hasta mi arduino?
A menos que alguien me lo corrija, técnicamente se puede programar una placa ESP01 con la IDE de Arduino.
Lo que sí no sé decir (aparte de tener que conectar no recuerdo qué pin a tierra), es cuál placa seleccionar. Si existe la opción del ESP01 o será un "NodeMCU genérico".
Reprogramándolo con la IDE de Arduino, puedes crear tu propio "protocolo de aplicación" sobre puerto serial; efectivamente reemplazando el muy conocido protocolo por comandos AT.